Phương pháp học VNEN là một mô hình giáo dục kiểu mới có nguồn gốc từ đất nước Colombia, đã được triển khai hiệu quả và nhân rộng ra toàn thế giới. Tuy nhiên tại nước ta vẫn còn nhiều lúng túng khi bắt tay áp dụng Phương pháp giáo dục VNEN này. Điều đó một phần nào phản ánh được sự yếu điểm trong phương pháp dạy học bậc tiểu học
Vậy những hạn chế khi triển khai mô hình vnen là gì?
Hạn chế về tập huấn
Để triển khai thành công một mô hình giáo dục đương nhiên đội ngũ giảng dạy phải là những người hiểu rõ nhất về nó. Tuy nhiên, hiện nay, tập huẩn về VNEN chỉ được tiến hành sơ lược, khiến cho giáo viên mới chỉ giống như “cưỡi ngựa xem hoa” chứ chưa nắm bắt được vấn đề cụ thể, khiến cho mô hình VNEN vẫn hoàn toàn lạ lẫm.
Nhân tiện nhìn từ vấn đề tập huấn mô hình VNEN mới rút ra được nhiều yếu điểm trong công tác tổ chức tập huấn cho cán bộ giáo dục hiện nay. Khi muỗn triển khai phương pháp dạy học mới, thông thường mỗi huyện cử 2 giáo viên đi tiếp thu, bởi kinh phí dành cho công tác này còn hạn chế không đủ đề cho nhiều người cùng lúc đi được. Và đương nhiên, khi về huyện, các trường cũng được cử cán bộ giáo viên tới Phòng GD&ĐT huyện tập huấn như thế. Chúng ta thử hỏi xem, nếu như tập huấn với cách thức như thế liệu rằng có đảm bảo được lượng kiến thức được phổ biến và tiếp thu cho các giáo viên hay không?
Đương nhiên, khi đội ngũ giáo viên còn mù mờ thì dù là mô hình VNEN hay các phương pháp giáo dục khác làm sao có thể truyền đạt được tới học sinh.

Hạn chế về vật chất
Hiện nay có rất nhiều trường có cơ sở vật chất sơ sài, thiếu thốn từ sách giáo khoa giảng dạy cho đến những đồ dùng và thiết bị học tập… Do vậy, khi triển khai mô hình VNEN, nhà trường có được nắm vững về phương pháp nhưng cũng “chịu chết” vì không thể thực hành được.
Hạn chế từ phía học sinh
Học sinh tham gia mô hình VNEN được sắp xếp ngồi quay tròn thành nhóm, có khoảng 4-6 em một nhóm. Trong đó, phát huy được tính chủ động cảu học sinh bằng cách học sinh tự tìm hiểu bài học, trao đổi với nhau và tự kiểm tra, khi có vướng mắc cần hỗ trợ mới tìm đến giáo viên. Tuy nhiên, nếu như với số lượng học sinh quá đông trong một lớp, thậm chí có lớp lên đến 50-60 học sinh thì việc kiểm soát chất lượng và chia nhiều nhóm sẽ không đạt được hiệu quả cao.
Không những thế, trình độ học sinh trong lớp thường không đồng đều, dẫn đến tính chủ động của các em cũng có nhiều vấn đề cần bàn. Đặc biệt, những em học sinh vốn có học lực trung bình – kém, nếu chủ động có thể khiến các em ngày càng đuối hơn do không theo kịp được các phương pháp học của mô hình VNEN. Chính vì thế, phương pháp này vẫn đang còn là một thách thức đối với giáo dục nước ta.